Médecin de famille depuis 2005, et préalablement ergothérapeute, Jean-Philippe Roy a d’abord eu une pratique clinique variée en première ligne, en milieu de soins hospitaliers et à l’urgence. Il est médecin pour des équipes collégiales de football depuis 2015.
En 2018, il s’est joint à l’équipe du GMF-U Clinique Maizerets, dans la basse-ville de Québec, à titre de professeur de clinique. Il fait partie de l’équipe médicale du PEPS (Pavillon de l’éducation physique et des sports) de l’Université Laval depuis 2021, où il enseigne au programme de résidence en médecine du sport et de l’exercice.
De plus, il a développé un intérêt pour les infiltrations musculosquelettiques sous échographie. Il organise des cliniques d’enseignement et de préceptorat dans ce champ de pratique.